贵阳院高度重视科技创新工作，组织机构健全，贵阳院的创新组织框架包含四大部分：创新领导、创新决策、创新管理以及专业研究等四个部分。

创新领导。贵阳院设有“科技创新领导小组”，对整个公司科技创新工作进行领导管理,主要职责：统筹指导院科技创新和技术质量管理工作，批准院科技创新和技术质量发展的重大事项;审议和批准院科技创新和技术质量资金投入计划;督导院科技创新和技术质量管理体系的运行和持续改进;规划和督导院科技创新和技术质量人才团队建设。院科技创新领导小组下设办公室，办公室设在科技质量管理部/总工办，负责具体落实领导小组安排的工作任务，主任由科技质量管理部/总工办主任兼任。

创新决策。院科技创新领导小组下设技术质量委员会、标准化委员会和知识产权委员会3个一级委员会。其中，技术质量委员会根据院三大业务板块、新业务发展领域和其它管理事项下设水电水利与新能源专委会、市政建筑与交通专委会、生态与环境专委会、工程总承包与监理专委会和投资与运营专委会5个二级专委会。

创新管理。公司科技质量管理部/总工办作为创新管理职能部门对技术中心科技进步工作的策划、管理和协调工作，部门设置有科技创新主管、综合技术主管、知识产权与创新管理专责、技术质量管理专责、科技管理专责等岗位。

专业研发。以国家认定企业技术中心为统领，建立了省部级、院级创新平台研发体系，拥有2个部级研发平台：国家能源水电工程技术研发中心流域与水电工程生态分中心，国家水能风能研究中心贵阳分中心；4个省级研发平台：贵州省碾压混凝土坝工程技术研究中心、贵州省可再生能源研究院士工作站、贵州省建筑信息模型（BIM）工程技术研究中心、贵州省清洁能源勘测设计综合应用工程研究中心；5个院级专业创新研发平台：贵阳院岩溶勘测与处理工程技术研究中心、贵阳院堆石坝工程技术研究中心、贵阳院工程物探实验研究中心、贵阳院集成装配式建筑研究中心、贵阳院工程GIS研发中心，负责整个公司的专业研究与开发工作。