贵阳院高度重视科技创新工作，组织机构健全。贵阳院创新组织框架包含四大部分：创新领导、创新决策、创新管理以及专业研究等四个部分。

（1）创新领导。贵阳院设有“科技创新领导小组”，对整个公司科技创新工作进行领导管理,主要职责：统筹指导院科技创新和技术质量管理工作，批准院科技创新和技术质量发展的重大事项；审议和批准院科技创新和技术质量资金投入计划；督导院科技创新和技术质量管理体系的运行和持续改进；规划和督导院科技创新和技术质量人才团队建设。

（2）创新决策。“科技创新领导小组”下设技术质量委员会、标准化委员会和知识产权委员会3个一级委员会。其中，技术质量委员会根据院三大业务板块、新业务发展领域和其它管理事项下设水电水利与新能源专委会、市政建筑与交通专委会、生态与环境专委会、工程总承包与监理专委会和投资与运营专委会5个二级专委会，对创新管理工作相关专业问题提供决策服务。

（3）创新管理。公司科技质量管理部/总工办作为创新管理职能部门对全院科技创新工作的策划、管理和协调工作，负责全院科技发展规划、创新体系与平台建设、科技项目与报奖管理、知识产权管理、标准化与学术管理、学会协会管理等科技管理工作等，为院创新驱动、技术质量管理提供良好支撑，同时也是“技术委员会”的秘书处。

（4）专业研发。以国家级认定企业技术中心为统领，形成国家、省部及企业级创新平台共同支撑的多级研发体系，其中国家级企业技术中心负责企业全方位、全级次科技项目研发，成果产出、科技奖励等工作，统领下属各级创新平台的具体研发管理。下属2个部级研发平台：国家能源水电工程技术研发中心流域与水电工程生态分中心，国家水能风能研究中心贵阳分中心；5个省级研发平台：贵州省碾压混凝土坝工程技术研究中心、贵州省可再生能源研究院士工作站、贵州省建筑信息模型（BIM）工程技术研究中心、贵州省岩土力学与工程安全重点实验室；6个院级专业创新研发平台：贵阳院岩溶勘测与处理工程技术研究中心、贵阳院堆石坝工程技术研究中心、贵阳院工程物探实验研究中心、贵阳院生态工程技术研究中心、贵阳院集成装配式建筑研究中心、贵阳院工程GIS研发中心，负责整个公司的专业研究与开发工作。2022年10月贵阳院获批备案设立国家博士后科研工作站，将积极探索工作站与院各级各类14个专业创新平台的融合创新，建立博士后工作站的规章制度及保障措施，不断深化与高校、科研院所的产学研合作，加快引进和培育高层次创新人才，提高技术创新和科研成果转化能力。